Le directeur général de l'établissement est nommé pour une durée de cinq ans renouvelable, sur la proposition du président du conseil d'administration, par décret pris sur le rapport des ministres de tutelle.
Le directeur général représente l'établissement. Il est chargé, sous réserve des attributions du directeur général adjoint définies à l'article R. 592-52, de la mise en œuvre des programmes et des opérations confiées à l'établissement, de la préparation et de l'exécution des décisions concernant l'organisation et le fonctionnement des services.
Il assure la direction administrative et financière de l'établissement. Il exerce la direction des services et a, à ce titre, autorité sur le personnel. Il conclut les contrats de travail, recrute et licencie les salariés de toutes catégories.
Il est l'ordonnateur principal des recettes et des dépenses. Il passe au nom de l'établissement tous actes, contrats ou marchés ; il détermine l'emploi des fonds disponibles et le placement des réserves ; il procède à toutes acquisitions, aliénations et transferts de valeurs ainsi qu'à tous achats, ventes ou locations d'immeubles ; il contracte tous emprunts et constitue nantissement ou hypothèque ; il conclut les contrats et les transactions dont le montant est inférieur au seuil fixé en application des 9° et 15° du I de l'article R. 592-48. Il désigne les ordonnateurs secondaires.
Il est chargé de la préparation des budgets et de la présentation des comptes et du bilan annuel de l'établissement.
Il assiste aux séances du comité d'orientation prévu à l'article R. 592-53. Il peut assister aux séances du comité d'orientation des recherches prévu à l'article R. 592-50 et aux séances du conseil scientifique prévu à l'article R. 592-54.
Il rend compte au conseil d'administration de l'exécution de ses délibérations.
Il peut déléguer sa signature.