Le conseil d'administration se réunit sur la convocation de son président aussi souvent que les besoins du service l'exigent.
Les séances du conseil d'administration ont lieu à Strasbourg. Toutefois lorsque les circonstances l'exigent ces assemblées peuvent pour une séance déterminée, désigner un autre lieu de réunion.
Le conseil ne peut valablement délibérer que lorsque la moitié au moins de ses membres en exercice assistent à la séance. Toutefois, les délibérations prises à la suite de deux convocations successives, à trois jours d'intervalle et dûment constatées, sont valables quel que soit le nombre des membres présents.
Les délibérations sont prises à la majorité des suffrages exprimés. En cas de partage, la voix du président est prépondérante.
Tout membre du conseil d'administration peut, par mandat spécial, déléguer à un autre membre la faculté de voter en ses lieu et place sur les questions portées à l'ordre du jour. Un membre ne peut être mandataire que d'un seul de ses collègues.
Il est voté au scrutin secret quand il s'agit de procéder à une nomination ou présentation. Dans ces deux cas, si après deux tours de scrutin aucun candidat n'a obtenu la majorité absolue, il est procédé à un troisième tour de scrutin et l'élection a lieu à la majorité relative. A égalité de voix, l'élection est acquise au plus âgé.
Les procès-verbaux sont signés par le président et par le secrétaire, ils font mention des personnes présentes et représentées.
Le directeur assiste avec voix consultative aux séances du conseil d'administration.
Le remboursement des frais prévus à l'article 9 de la convention annexe est effectué sur états appuyés de toutes les justifications utiles ou suivant un tarif fixé par les ministres des travaux publics et des finances et après examen des propositions du conseil d'administration.
Les dispositions des articles R. 5312-20 et R. 5312-21 du code des transports relatives aux obligations déontologiques des membres du conseil de surveillance des grands ports maritimes s'appliquent aux membres du conseil d'administration du Port autonome de Strasbourg. Les fonctions de commissaires du Gouvernement et d'autorité chargée du contrôle économique et financier sont assurées respectivement par l'inspecteur général du contrôle et par le commissaire-contrôleur.