En cas de vacance momentanée du poste de directeur général, d'absence ou d'empêchement du directeur général, ce dernier est remplacé dans ses fonctions par l'un des agents du port désignés à l'avance par le ministre chargé des transports, après avis du conseil d'administration.
Si l'absence du directeur général se prolonge, un directeur général intérimaire peut être désigné par décret pris sur le rapport du ministre chargé des transports, soit à l'initiative de ce dernier, après avis du conseil d'administration, soit à l'initiative du conseil d'administration.