Le ministre chargé des ports désigne un commissaire du Gouvernement auprès du port autonome de Paris et un commissaire du Gouvernement adjoint. En cas d'absence ou d'empêchement du commissaire du Gouvernement, ses pouvoirs sont exercés par le commissaire du Gouvernement adjoint.
Le commissaire du Gouvernement contrôle l'ensemble des opérations du conseil d'administration et vérifie le fonctionnement de tous les services.
Le contrôleur budgétaire est désigné par les ministres chargés de l'économie et du budget.