Le haut conseil est composé de cinq commissions thématiques au sein desquelles sont répartis les membres du conseil :
― commission des violences de genre ;
― commission relative à la lutte contre les stéréotypes sexistes et à la répartition des rôles sociaux ;
― commission des droits des femmes et des enjeux internationaux et européens ;
― commission de la parité en matière politique, administrative et dans la vie économique et sociale ;
― commission de la santé des femmes, des droits sexuels et reproductifs.
La commission des violences de genre est présidée par le secrétaire général de la mission interministérielle pour la protection des femmes contre les violences et la lutte contre la traite des êtres humains. Les autres commissions sont présidées chacune par un membre du haut conseil désigné par arrêté du Premier ministre, sur proposition du ministre chargé des droits des femmes.
Le haut conseil peut constituer en son sein des groupes de travail, présidés chacun par un membre du conseil et composés de membres du conseil et, le cas échéant, de personnalités extérieures.