Pour l'application de l'article D. 421-54 du code de l'environnement, le secrétariat assuré conjointement par l'Office national de la chasse et de la faune sauvage, l'Agence française pour la biodiversité et le Muséum national d'histoire naturelle :
- reçoit les demandes d'expertise adressées par le ministre chargé de la chasse et en fait part au président ;
- produit des premiers éléments d'analyse nécessaires aux travaux du comité, notamment un inventaire des données, études et recherches portant sur les espèces concernées et leurs habitats ainsi que les données de prélèvements ;
- adresse les convocations selon les modalités prévues aux articles 5 et 6 ;
- rédige le compte-rendu des réunions ;
- assure la rédaction, puis la transmission au ministre chargé de la chasse, des rapports et des recommandations adoptés par le comité d'experts ;
- rend public, par la mise en ligne sur un site internet, les rapports et recommandations adoptés par le comité d'experts.