La commission nationale est présidée par le directeur de l'agence. Elle comprend en outre dix-neuf membres :
1° Le délégué aux relations européennes et internationales et à la coopération au ministère chargé de l'éducation ou son représentant ;
2° Le directeur général de la mondialisation, du développement et du partenariat au ministère chargé des affaires étrangères ou son représentant ;
3° Le directeur général de l'administration au ministère chargé des affaires étrangères ou son représentant ;
4° Un inspecteur général de l'éducation nationale, désigné par le ministre chargé de l'éducation ;
5° L'inspecteur général des affaires étrangères ou son représentant ;
6° Le directeur des Français à l'étranger et de l'administration consulaire au ministère chargé des affaires étrangères ou son représentant ;
7° Deux conseillers de l'Assemblée des Français de l'étranger pour la durée de leur mandat ;
8° Trois représentants des organisations syndicales représentatives des personnels enseignants français ;
9° Quatre représentants des associations de parents d'élèves ;
10° Deux représentants des organismes gestionnaires d'établissements scolaires français à l'étranger ;
11° Deux représentants des associations de Français établis hors de France.
Les représentants mentionnés aux 8° à 11° sont nommés par le ministre des affaires étrangères pour une durée d'un an renouvelable dans la limite de six ans.
Le service de l'aide à la scolarité de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger assure l'organisation et le secrétariat de la commission nationale.