La sous-direction de l'organisation judiciaire et de l'innovation comprend six bureaux :
- le bureau du droit de l'organisation judiciaire ;
- le bureau de l'accompagnement de l'organisation des juridictions (AccOr. J) ;
- le bureau des applications informatiques pénales ;
- le bureau des applications informatiques civiles ;
- le bureau des infrastructures techniques et de l'innovation ;
- le bureau d'appui aux projets liés aux applicatifs métiers.