Dès la confirmation de l'existence de la fièvre catarrhale du mouton, le préfet prend, sur proposition du directeur départemental en charge de la protection des populations, un arrêté portant déclaration d'infection de l'exploitation infectée qui ordonne a minima le recensement des espèces sensibles, leur suivi clinique par le vétérinaire sanitaire, ainsi que, dans le cas où une vaccination collective et obligatoire est organisée, la vérification du statut vaccinal des animaux des espèces sensibles présents sur l'exploitation et, le cas échéant, que l'éleveur fasse procéder à la vaccination de ses animaux. Ces modalités sont précisées par instruction du ministre chargé de l'agriculture.
En zone réglementée pour un sérotype enzootique, le préfet peut, sur instruction du ministre, remplacer l'arrêté préfectoral portant déclaration d'infection par une notification officielle d'infection sans prescription de mesures de police sanitaire ou par toute autre mesure adaptée au contexte épidémiologique.
L'abattage des animaux issus de l'exploitation infectée, lorsque cela est nécessaire pour prévenir l'extension de l'épidémie, peut être ordonné par le préfet du département où sont détenus ces animaux. A cette fin, une instruction du ministre de l'agriculture précise dans quels cas procéder à la recherche des animaux sensibles issus de l'exploitation infectée et, le cas échéant, dans quels cas le préfet peut ordonner leur abattage. S'ils présentent des signes cliniques de fièvre catarrhale du mouton, il est procédé à l'euthanasie de ces animaux, en lieu et place de l'abattage.