Les membres du conseil d'administration et les agents de France compétences exercent leurs fonctions dans le respect de principes fixés dans une charte déontologique, préparée par le directeur général et adoptée par le conseil d'administration.
Cette charte comprend des dispositions spécifiques applicables aux agents affectés aux missions relatives à la certification prévue au 8° de l'article L. 6123-5, à la médiation prévue à l'article R. 6123-13 et aux missions relatives à l'évaluation et aux recommandations mentionnées au 7°, 10° et 12° de l'article L. 6123-5.