Le nombre de bénéficiaires manquants est égal à la différence entre le nombre des bénéficiaires de l'obligation d'emploi prévue par la loi et le nombre de bénéficiaires effectivement employés auquel est ajouté l'équivalent d'embauche de bénéficiaires dû à la passation de contrats de fournitures, de sous-traitance ou de prestation de services avec des entreprises adaptées, des établissements ou des services d'aides par le travail ou dû à l'accueil de stagiaires handicapés.
Un bénéficiaire employé ne peut pas être comptabilisé plusieurs fois au motif qu'il entre dans plusieurs catégories de bénéficiaires prévues à l'article L. 5212-13.