Afin d'assurer la sécurité et la confidentialité des informations, les organismes chargés d'opérer les échanges mettent en œuvre les fonctions de sécurité prévues par le référentiel général de sécurité mentionné à l' article 9 de l'ordonnance n° 2005-1516 du 8 décembre 2005 relative aux échanges électroniques entre les usagers et les autorités administratives et entre les autorités administratives, qui sont assurées par des moyens cryptographiques.
En fonction de la sensibilité des données échangées, ces organismes déterminent les niveaux de sécurité appropriés conformément aux dispositions du décret n° 2010-112 du 2 février 2010 pris pour l'application des articles 9,10 et 12 de l'ordonnance n° 2005-1516 du 8 décembre 2005 relative aux échanges électroniques entre les usagers et les autorités administratives et entre les autorités administratives. Ils mettent en œuvre notamment les fonctions d'identification de l'administration demanderesse, d'horodatage, de confidentialité et d'intégrité des informations échangées.
Seuls peuvent accéder aux informations ainsi échangées les agents habilités des services administrations compétents pour mettre en œuvre les procédures mentionnées aux articles R. 114-9-2 et R. 114-9-4.