Chaque Conseil national professionnel et chaque structure fédérative adopte son règlement intérieur.
Ce règlement intérieur prévoit notamment, dès lors que ces informations ne figurent pas dans les statuts, la composition et les modalités de fonctionnement des instances mentionnées à l'article D. 4021-4, les procédures liées au cycle budgétaire, les conditions de conclusion de conventions, les modalités d'identification des professionnels susceptibles d'être désignés experts ainsi que les dispositions relatives à la gestion des déclarations d'intérêt des membres des instances et des experts désignés au nom du Conseil national professionnel ou de la structure fédérative.
Dans le cadre de structures fédératives, le règlement intérieur définit les modalités selon lesquelles elles remplissent leurs missions de coordination de réflexions et de travaux, de prise en charge de fonctions pour le compte de ses membres et de représentation auprès des pouvoirs publics.
Il garantit la représentation équilibrée des différents modes d'exercice de la profession ou de la spécialité.
Une personne exerçant la fonction de président, secrétaire général ou trésorier d'un organisme membre d'un Conseil national professionnel ne peut pas exercer l'une de ces fonctions au sein du Conseil national professionnel ou de la structure fédérative à laquelle aurait adhéré le conseil.