Outre les missions définies à l'article D. 4021-2, et dans l'objectif d'améliorer les processus de prise en charge, la qualité et la sécurité des soins et la compétence des professionnels de santé, les Conseils nationaux professionnels ont également pour missions :
1° D'apporter une contribution notamment en proposant des professionnels susceptibles d'être désignés en tant qu'experts, dans les domaines scientifique et opérationnel liés à l'organisation et à l'exercice de la profession ou de la spécialité ;
2° De contribuer à analyser et à accompagner l'évolution des métiers et des compétences des professionnels de santé à travers notamment la définition de référentiels métiers et de recommandations professionnelles ;
3° De participer à la mise en place de registres épidémiologiques pour la surveillance des évènements de santé et de registres professionnels d'observation des pratiques.
4° De désigner, à la demande de l'Etat, des représentants de la profession ou de la spécialité pour siéger dans les structures appelées à émettre des avis sur les demandes d'autorisations d'exercice ou de reconnaissance des qualifications professionnelles.
Dans ce cadre, les Conseils nationaux professionnels peuvent être sollicités par l'Etat ou ses opérateurs, les caisses d'assurance maladie, les autorités indépendantes, les agences sanitaires, ou les instances ordinales.
Ces missions sont remplies de manière autonome par les Conseils nationaux professionnels ainsi que, le cas échéant, en coopération avec d'autres Conseils nationaux professionnels ou une structure fédérative.
Ces missions sont assurées dans le respect des principes mentionnés à l'article D. 4021-3-4.