La mission de médiateur des affaires étrangères est confiée, par décision du ministre, à une personne physique ou, dans les conditions prévues à l'article R. 213-2 du code de justice administrative, à une personne morale. Le médiateur est choisi en raison de ses compétences en matière de gestion des ressources humaines.
Le médiateur est désigné pour une durée de 3 ans renouvelable dans les mêmes conditions. Cette durée ne peut être modifiée qu'avec son accord exprès sauf manquement aux obligations énoncées à l'article 25 et suivants de la loi n° 83-634 du 13 juillet 1983 portant droits et obligations des fonctionnaires.