L'envoi d'un enseignant-chercheur ou enseignant devant la section disciplinaire du conseil académique est décidé par le directeur général de l'Ecole de l'air. Les enseignants-chercheurs et enseignants sont passibles des sanctions disciplinaires prévues aux articles L. 952-8 et L. 952-9 du code de l'éducation.
La section disciplinaire comprend quatre enseignants et enseignants-chercheurs, dont le président de la section disciplinaire qui doit être professeur des universités, élus par et parmi les représentants du personnel exerçant des fonctions d'enseignement ou de recherche au conseil d'administration et au conseil académique de l'établissement.
La section disciplinaire se réunit sur convocation de son président. Elle ne peut délibérer que lorsque trois de ses membres au moins sont présents. En cas de partage des voix, celle du président de la section est prépondérante.