Le président du conseil d'administration est élu par le conseil parmi les personnalités qualifiées membres du conseil, pour un mandat d'une durée de trois ans renouvelable deux fois.
Un vice-président est élu par le conseil dans les mêmes conditions. Il supplée le président en cas d'absence ou d'empêchement.
Les fonctions de président et vice-président sont incompatibles avec l'exercice de toute fonction de direction au sein d'un autre établissement public à caractère scientifique, culturel et professionnel.
A l'exception du directeur général de l'Ecole de l'air, des représentants de l'Etat, des représentants des établissements mentionnés aux c et d du 3° de l'article R. 3411-127, du représentant de la région et des représentants du personnel militaire, le mandat des membres du conseil d'administration est de trois ans, renouvelable deux fois.
Le mandat des représentants élus du personnel civil prend fin en cas de mutation intervenant en cours de mandat. Le mandat des représentants du personnel militaire prend fin à l'achèvement de leur mandat de président de catégorie ou en cas de mutation intervenant en cours de mandat. Le mandat des représentants des élèves prend fin au terme de la deuxième année de leur scolarité. Le mandat des représentants élus des étudiants prend fin à l'achèvement de leur scolarité.
En cas de vacance survenant, pour quelque cause que ce soit, plus de six mois avant l'expiration du mandat d'un membre du conseil d'administration, il est procédé à son remplacement pour la durée restant à courir.
Les membres du conseil représentant le personnel et les étudiants siègent valablement jusqu'à la désignation de leur successeur qui intervient dans les six mois.