Les cotisations dont sont redevables les bénéficiaires et leurs employeurs sont calculées et versées mensuellement par les employeurs dès lors qu'une assiette est constituée. Cette opération s'effectue, dans le respect de la limite de 20 % prévue à l'article 2 du décret du 18 juin 2004 susvisé, sur la base des éléments de rémunérations cotisables et du traitement indiciaire brut versés depuis le début de l'année civile.
Les cotisations sont calculées en rapprochant, chaque mois, les éléments de rémunérations bruts cotisables depuis le début de l'année du plafond de l'assiette déterminée à partir du traitement indiciaire brut servi depuis le même début d'année. Lorsque la périodicité de versement des éléments constitutifs de l'assiette n'est pas mensuelle, la cotisation est calculée et versée de telle manière que l'assiette sur laquelle elle est fondée soit mois par mois respectée, en tenant compte des montants déjà acquittés.
Toutefois, lorsque le nombre total de bénéficiaires rémunérés par l'employeur est inférieur à dix, ce seuil étant apprécié au 31 décembre de l'année précédente, l'employeur effectue un versement annuel unique de cotisations au régime. Ce versement intervient en même temps que l'envoi de la déclaration annuelle récapitulative prévue à l'article 15 du décret du 18 juin 2004 susvisé. Il est opéré dans les délais fixés par ce même article.
Par dérogation et jusqu'au 31 décembre 2019, les cotisations dues au régime au titre de l'indemnité journalière d'absence temporaire des personnels des compagnies républicaines de sécurité instituée par le décret n° 61-1066 du 26 septembre 1961 instituant une indemnité journalière d'absence temporaire en faveur des personnels des compagnies républicaines de sécurité se déplaçant en unité ou fraction d'unité dans les départements métropolitains et les départements d'outre-mer sont versées par l'employeur dans les conditions prévues au troisième alinéa du présent article.