Les marchés des ports autonomes sont soumis au code de la commande publique, à l'exception de la section 3 du chapitre VI du titre IX du livre Ier de la deuxième partie de ce code pour les marchés ne donnant pas lieu à une participation financière de l'Etat.
Les marchés publics inférieurs au seuil mentionné au 1° de l'article L. 2123-1 du code de la commande publique sont soumis à des règles fixées par le conseil d'administration et approuvées par le ministre chargé des ports maritimes et le ministre chargé des finances.