Dans le cadre des orientations définies par le directeur de l'établissement et, à l'Assistance publique-hôpitaux de Paris, par le directeur général, les ingénieurs généraux hospitaliers de la fonction publique hospitalière et les ingénieurs généraux hospitaliers de l'Assistance publique-hôpitaux de Paris sont chargés de missions de contrôle et d'évaluation relatives à la constitution et la gestion des parcs techniques et immobiliers ou à tout autre domaine technique justifiant leur intervention.
Ils peuvent être affectés, selon le cas, auprès d'un établissement ou d'un groupe d'établissements relevant de l'Assistance publique-hôpitaux de Paris ou mentionnés à l'article 2 de la loi du 9 janvier 1986 précitée, dont l'activité technique, médicale et sanitaire est particulièrement importante.
A la demande du directeur de l'établissement et, à l'Assistance publique-hôpitaux de Paris, du directeur général, ils peuvent se voir confier des missions d'expertise afférentes à une spécialité technique ou à un établissement ou à un groupe d'établissements.
Chaque année, ils rédigent un rapport qui comporte un bilan de leurs activités.