Jusqu'à la première réunion du conseil d'administration du centre régional des œuvres universitaires et scolaires de Bourgogne-Franche-Comté, le directeur général de l'établissement engage, ordonne et fait liquider les marchés, contrats et dépenses pour le compte de l'établissement et prend toutes mesures nécessaires au fonctionnement de l'établissement.
Le budget initial de l'établissement pour l'année 2019, préparé par le directeur général, est arrêté par décision conjointe des ministres chargés de l'enseignement supérieur et du budget.