L'élection ou le tirage au sort des membres du Conseil supérieur de la fonction militaire et des membres des conseils de la fonction militaire sont effectués sous le contrôle d'une commission présidée par un conseiller d'Etat et comprenant le secrétaire général du Conseil supérieur de la fonction militaire, un membre du corps militaire du contrôle général des armées, un officier, un sous-officier ou officier marinier et un militaire du rang désignés par le ministre de la défense.
Cette commission dispose d'un secrétariat dont les membres sont désignés par le ministre de la défense. Les membres de la commission et du secrétariat sont tenus à une stricte obligation de confidentialité et de discrétion professionnelle pour toutes les informations dont ils ont connaissance.