Les militaires membres du Conseil supérieur de la fonction militaire restent affectés en position d'activité au sein de l'organisme dans lequel ils étaient affectés antérieurement à leur nomination au Conseil supérieur de la fonction militaire. Ils peuvent solliciter une affectation pour raison de service dans un autre organisme. Ils se consacrent à la concertation. Toutefois, ils peuvent, en accord avec leur force armée ou formation rattachée d'appartenance, être autorisés par le secrétaire général du conseil, afin de maintenir ou renforcer leurs compétences, à participer à des activités de formation ou de préparation opérationnelle. Ils peuvent continuer à exercer jusqu'à son terme l'un des mandats d'une instance de représentation du personnel militaire.
Le secrétaire général du Conseil supérieur de la fonction militaire accorde les permissions aux militaires membres de ce conseil.
Lorsqu'un membre titulaire d'un conseil de la fonction militaire est dans l'impossibilité d'assister à une session, un suppléant représentant le même groupe de grades est appelé à siéger dans l'ordre des résultats du tirage au sort ou de l'élection. A défaut de suppléant en fonction représentant le même groupe de grades, le membre titulaire n'est pas remplacé.