Lors de sa première réunion, la conférence de la santé et de l'autonomie de Mayotte élit son président.
Elle établit le règlement intérieur de la conférence de la santé et de l'autonomie de Mayotte qui précise, notamment, les modalités de fonctionnement de la commission permanente.
Elle rend un avis sur :
1° Le projet de santé de La Réunion et de Mayotte ;
2° Le rapport annuel sur le respect des droits des usagers du système de santé de Mayotte mentionné à l'article D. 1432-40.
Elle établit chaque année un rapport sur son activité.
Elle détermine les questions de santé qui donnent lieu aux débats publics qu'elle organise selon des modalités fixées par le règlement intérieur.