Pour l'accomplissement de ses missions, le STEMO Bordeaux Gironde Ouest est composé des deux unités éducatives suivantes :
Unité éducative de milieu ouvert de Bordeaux 1, sise 20, rue Thiac, 33000 Bordeaux ;
Unité éducative de milieu ouvert de Mérignac, sise 3, avenue du Château-d'Eau, 33700 Mérignac.