Le responsable ministériel de l'audit interne est assisté pour l'exercice de ses fonctions par la mission ministérielle d'audit interne, placée au sein du contrôle général des armées.
La mission ministérielle d'audit interne est chargée de :
1° Préparer, sur la base d'une analyse fondée sur les risques, le programme d'audit ministériel ;
2° Réaliser les audits ministériels approuvés par le comité et lui en présenter les conclusions ;
3° Veiller à la diffusion des bonnes pratiques en matière d'audit interne.