Une convention triennale d'objectifs et de performance est conclue entre l'Etat et France compétences. Cette convention est rendue publique à sa signature et à son renouvellement. Elle définit les modalités de financement, la mise en œuvre des missions et les modalités de suivi de l'activité. Un rapport d'activité est remis chaque année au Parlement et au ministre chargé de la formation professionnelle pour indiquer la mise en œuvre des missions dévolues à France compétences dans l'hexagone, en Corse et dans les collectivités régies par l'article 73 de la Constitution.
L'institution est soumise en matière de gestion financière et comptable aux règles applicables aux entreprises industrielles et commerciales. Elle est soumise à l'ordonnance n° 2015-899 du 23 juillet 2015 relative aux marchés publics.