L'agence de l'innovation de défense est dirigée par un directeur, nommé sur proposition du délégué général pour l'armement.
Il est assisté par un directeur adjoint, qui le seconde et le supplée dans l'exercice de ses attributions, et par deux adjoints spécialisés.
Il peut disposer de chargés de mission.
Le directeur peut représenter le ministre de la défense dans les instances de coopération internationale et européenne en matière de recherche et technologie de défense.