Par dérogation à l'article D. 5312-44 du code des transports, le ministre chargé des ports maritimes nomme un commissaire du Gouvernement et un commissaire du Gouvernement adjoint. Celui-ci assiste aux délibérations du conseil. En cas d'absence ou d'empêchement du commissaire du Gouvernement, ses pouvoirs sont exercés par le commissaire du Gouvernement adjoint.
Les décisions du conseil lui sont soumises dans les conditions définies à l'article R. 5312-25 du code des transports.
Un membre du contrôle général économique et financier peut être associé aux travaux du conseil à sa demande.