Lorsque l'infection est confirmée, en particulier en zones de forte densité avicole, le préfet diligente des investigations épidémiologiques pour évaluer le risque de diffusion de l'infection depuis ou vers les troupeaux de volailles de l'espèce Gallus gallus situés à proximité du site d'élevage du troupeau infecté. Les investigations visent notamment à identifier l'origine possible de l'infection et les facteurs de diffusion de l'infection aux exploitations en cause. Les investigations épidémiologiques portent le cas échéant sur les exploitations hébergeant des volailles issues du troupeau infecté ainsi que, en amont, sur les fournisseurs d'aliments livrant l'exploitation contaminée. En fonction du résultat des investigations épidémiologiques, le préfet peut ordonner des mesures particulières de biosécurité dans les exploitations ou les établissements, dont les usines d'aliment, susceptibles d'être à l'origine de la contamination, et également vis-à-vis des exploitations exposées à un risque de diffusion à partir du foyer identifié.