L'arrêté de mise sous surveillance prévoit que les troupeaux sont immédiatement séquestrés et maintenus isolés. Dans l'attente du résultat des analyses des prélèvements de confirmation prévus à l'article 11 selon l'annexe III du présent arrêté :
a) Tout traitement antibiotique est interdit. Tout traitement ou procédé susceptible d'interférer avec le résultat des prélèvements de confirmation est évité, ou, en cas de nécessité, signalé au préfet avant réalisation des prélèvements de confirmation. A ce titre, le registre d'élevage est systématiquement examiné, afin en particulier de vérifier la prescription et l‘emploi de substances antimicrobiennes, notamment les antibiotiques ou tout produit susceptible d'interférer avec le dépistage ;
b) Les œufs à couver sont stockés à part, dans un local approprié de façon à éviter toute dissémination de l'infection. Sur autorisation du préfet, ils peuvent être mis sur le marché après avoir subi un traitement thermique garantissant la destruction des salmonelles. En cas d'isolement d'une souche de Salmonella Kentucky présentant un profil d'antibiorésistance dangereux pour la santé publique, le préfet peut décider des mesures particulières sur la destination des œufs à couver ;
c) Tout mouvement de volailles à destination ou en provenance des bâtiments ou des enclos du site d'élevage du troupeau suspect est soumis à autorisation du préfet ;
d) Tout mouvement de fientes, fumiers et de matériel à partir du site d'élevage est soumis à autorisation du préfet. Les mesures de biosécurité sont renforcées pour limiter l'extension de l'infection éventuelle ;
e) Les œufs en incubation au moment de la déclaration de suspicion sont manipulés et traités à part lors de l'éclosion. Un protocole de désinfection renforcée des locaux du couvoir est aussitôt mis en œuvre et son efficacité est contrôlée par l'exploitant du couvoir ;
f) La livraison des poulettes d'un jour issues des œufs en incubation provenant du troupeau suspect et destinées à des élevages soumis à un plan de lutte visant le sérotype identifié est interdite.
Par dérogation au point a du présent article, lorsque le troupeau présente des symptômes cliniques liés à l'infection par les salmonelles, susceptibles d'induire des souffrances aux animaux, ou lorsqu'il s'agit de préserver le matériel génétique des troupeaux à haute valeur (troupeaux « élite »), de troupeaux de races menacées ou de troupeaux élevés à des fins de recherche, le vétérinaire en charge du troupeau peut prescrire, sur autorisation préalable du préfet, et après réalisation d'un antibiogramme, un traitement antibiotique. La gestion de tels troupeaux fait alors l'objet d'un protocole de surveillance et de gestion établi par le vétérinaire sanitaire, avec l'accord du préfet ; en particulier, il est possible de surseoir à l'élimination des troupeaux « élite », des troupeaux de races menacées ou des troupeaux élevés à des fins de recherche.