Le Conseil supérieur de la mutualité est présidé par le ministre chargé de la mutualité ou, en son absence, par son représentant qui en est membre de droit.
Le Conseil supérieur de la mutualité est composé en majorité de représentants des mutuelles, unions et fédérations désignés par les fédérations les plus représentatives du secteur. Il comprend également parmi ses membres un député et un sénateur.