Le consistoire est renouvelé dans sa totalité tous les trois ans. Le renouvellement a lieu immédiatement après les élections des conseils presbytéraux.
Après chaque renouvellement le consistoire élit en son sein son président, son vice-président, son trésorier et son secrétaire, qui forment le conseil consistorial. En cas d'empêchement du président, le vice-président assure les fonctions de président.
La désignation du président est notifiée par le directoire ou le conseil synodal au ministre de l'intérieur qui dispose d'un délai de deux mois pour s'y opposer.