La commission des sanctions délibère à huis clos, hors de la présence de l'intéressé, de son conseil, le cas échéant de la ou des personnes investies de l'autorité parentale ou du représentant légal, du représentant du collège ou de l'agent de l'agence chargé de représenter ou d'assister celui-ci, ainsi que des personnes entendues à l'audience.
Lorsque les fonctions de secrétaire de séance sont assurées par un agent de l'agence, celui-ci est désigné par le président de la commission des sanctions avec l'accord du président de l'agence. Il peut assister au délibéré sans y participer. Il exerce ces fonctions sous la seule autorité du président de la formation de la commission des sanctions appelée à se prononcer.