Le docteur junior bénéficie de congés de maladie sur présentation d'un certificat médical, dans la limite d'une durée de douze mois consécutifs pendant laquelle il perçoit, au cours des trois premiers mois de ce congé, la totalité des émoluments mentionnés au 1° de l'article R. 6153-1-7 ainsi que la prime d'autonomie supervisée et, le cas échéant, des indemnités représentatives des avantages de logement, de chauffage, d'éclairage et de nourriture. Il perçoit la moitié de ces éléments de rémunération pendant les neuf mois suivants.
Un congé sans rémunération lié à l'état de santé, d'une durée de douze mois au maximum, peut être accordé au docteur junior sur sa demande, après avis du comité médical mentionné à l'article R. 6152-36, lorsque l'intéressé ne peut, à l'expiration de ses droits à congé de maladie, reprendre ses activités pour raison de santé.
A l'expiration des droits aux congés de maladie ou d'un congé sans rémunération lié à l'état de santé, le comité médical se prononce sur l'aptitude de l'intéressé à ses fonctions.