En cas d'accident du travail ou de maladie professionnelle, le docteur junior bénéficie d'un congé pendant toute la période d'incapacité de travail jusqu'à la guérison complète, la consolidation de la blessure ou le décès.
Dans cette situation et dans la limite de trente-six mois, l'intéressé perçoit la totalité des émoluments mentionnés au 1° de l'article R. 6153-1-7 ainsi que la prime d'autonomie supervisée et, le cas échéant, des indemnités représentatives des avantages de logement, de chauffage, d'éclairage et de nourriture.