Les dossiers individuels de zones et compartiments déposés à titre individuel sont instruits selon les modalités prévues au chapitre V de l'arrêté du 4 novembre 2008 susvisé. L'ensemble des visites sanitaires et des résultats d'analyses réalisés après validation par le préfet de la demande d'entrée en programme de qualification sanitaire sont pris en compte dans l'instruction du dossier de déclaration final de la zone ou du compartiment transmis à la Commission européenne. Les zones et compartiments sont intégrés au présent programme lorsqu'ils remplissent les conditions requises.