Les visites sanitaires, les prélèvements et leur transmission au laboratoire, prévus par la décision (UE) 2015/1554 susvisée, sont effectués à la demande du titulaire de l'agrément zoosanitaire, pour les fermes aquacoles qu'il exploite, par le vétérinaire sanitaire qu'il a désigné. Les prélèvements peuvent être réalisés à l'occasion de visites ou d'inspections réalisées dans le cadre de l'agrément zoosanitaire. Le préfet en fonction de la situation épidémiologique dans le département peut refuser que le vétérinaire sanitaire se fasse assister en application de l'article R. 203-10 du code rural et de la pêche maritime.
Les analyses prévues par le programme reconnu ne peuvent être réalisées que par un laboratoire agréé par le ministre en charge d'agriculture pour ces analyses. Les méthodes d'échantillonnage et de diagnostic utilisées sont celles décrites au paragraphe II de la partie I de l'annexe I de la décision (UE) 2015/1554 du 11 septembre 2015 susvisée. Le laboratoire transmet les résultats sous forme informatisée dans le système d'information de la direction générale de l'alimentation. Tout résultat d'analyse de la SHV ou de la NHI, réalisé dans le cadre d'un programme reconnu, est tenu à disposition du préfet et de l'organisme à vocation sanitaire reconnu dans le domaine animal du lieu d'implantation de l'exploitation concernée.