L'autorisation peut être refusée pour des raisons d'ordre public, de défense ou de sécurité nationales, de respect des engagements internationaux de la France ou des normes minimales communes adoptées en application de l'article 8 de la décision du 25 octobre 2011 précitée, notamment en ce qui concerne la sécurité du service public réglementé et la protection des informations relatives à ce service.
En application du 4° de l'article L. 231-4 du code des relations entre le public et l'administration, le silence gardé pendant deux mois par le Premier ministre sur une demande d'autorisation vaut décision de rejet.