Outre les services qui leur sont respectivement rattachés, la direction générale de l'enseignement supérieur et de l'insertion professionnelle et la direction générale de la recherche et de l'innovation comprennent un service commun et une délégation commune :
― le service de la coordination des stratégies de l'enseignement supérieur et de la recherche ;
― la délégation aux affaires européennes et internationales.