Outre la délégation à la mer et au littoral, la direction des affaires maritimes comprend :
― la sous-direction de la sécurité maritime ;
― la sous-direction des gens de mer et de l'enseignement maritime ;
― la sous-direction des activités maritimes ;
― la sous-direction des systèmes d'information maritimes ;
― la mission de la flotte de commerce ;
― la mission de la navigation de plaisance et des loisirs nautiques.
En outre, lui est rattaché le service de santé des gens de mer.