Sur la base d'études de justification présentées par l'exploitant, l'autorité administrative compétente fixe les valeurs limites de rejets, en concentration et en flux pour les effluents liquides rejetés. Elle fixe au moins des valeurs limites pour l'uranium pondéral et pour le radium 226 dissous et, le cas échéant, particulaire. Ces études prennent en compte les réactifs utilisés pour le traitement des substances radioactives, qui peuvent également faire l'objet de prescriptions.
Les eaux de ruissellement, les effluents et l'ensemble des eaux résiduaires ne peuvent être rejetés dans le milieu naturel que si ces rejets sont compatibles avec les objectifs de quantité et de qualité des eaux du milieu naturel visés au IV de l'article L. 212-1 du code de l'environnement.
Lorsqu'il apparaît des résurgences d'eau provoquées par les travaux miniers, susceptibles d'avoir un impact sur la radioprotection, l'exploitant en fait la déclaration à l'autorité administrative compétente. I1 y joint une note dans laquelle sont expliquées les mesures qu'il prévoit pour les capter, et les traiter si nécessaire au regard de leurs caractéristiques et des limites de rejets applicables.