L'agence est dotée d'une commission nationale des aides dans le domaine radioactif qui a pour objet d'émettre un avis sur l'utilisation, dans le domaine des missions d'intérêt général de l'agence mentionnées au 6° de l'article L. 542-12, de la subvention publique visée à l'article L. 542-12-1, et en particulier sur :
1° Les priorités d'attribution des fonds ;
2° Les stratégies de traitement des sites de pollution radioactive ;
3° Les principes de prise en charge aidée des déchets radioactifs ;
4° Les dossiers individuels qui lui sont soumis.
La commission nationale des aides dans le domaine radioactif est composée :
1° Des membres de droit suivants :
-le directeur général de l'Agence nationale pour la gestion des déchets radioactifs ou son représentant ;
-le directeur général de l'énergie et du climat ou son représentant ;
-le directeur général de la prévention des risques ou son représentant ;
-le président de l'Autorité de sûreté nucléaire ou son représentant ;
-le président de l'Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie ou son représentant ;
-le président de l'Institut de radioprotection et de sûreté nucléaire ou son représentant ;
-l'administrateur général du Commissariat à l'énergie atomique ou son représentant ;
-le président de l'Association des maires de France ou son représentant ;
2° Des membres suivants, nommés pour un mandat, renouvelable, d'une durée de quatre ans, par arrêté des ministres chargés de l'énergie, de la sûreté nucléaire et de la radioprotection :
-le président de la commission ;
-deux représentants d'associations agréées pour la protection de l'environnement ;
-un représentant d'un établissement public foncier.
L'Agence nationale pour la gestion des déchets radioactifs assure le secrétariat de cette commission, qui définit ses modalités de fonctionnement dans son règlement intérieur.