Le commandant de base de défense a également un rôle de conseil et de coordination dans le domaine de la prévention et la maîtrise des risques au sein de la base de défense.
Il assume, en outre, vis-à-vis des emprises identifiées comme " sans emploi " ou " inutiles ", les obligations prévues à l'article R. 5131-9 du code de la défense. Il s'appuie, pour l'exercice de ces obligations, sur les formations et organismes situés au sein de la base de défense, ainsi que sur les commandants d'armes des garnisons concernées, dans des conditions précisées par instruction.
Il assure la programmation des crédits budgétaires qui lui sont confiés et est responsable de leur utilisation.
Il relève du chef du centre interarmées de coordination du soutien et s'appuie, pour l'exercice de ses attributions, sur les conseils et expertises fournis par les services de soutien précités.
Le secrétaire général pour l'administration lui donne les directives spécifiques nécessaires à l'exécution des missions qui lui sont confiées par le décret du 5 octobre 2009 susvisé.
Pour l'exercice de ses attributions prévues à l'article R. 5131-11 du code de la défense, le commandant de base de défense dispose du chef du bureau logement du groupement de soutien de base de défense de rattachement.