Le directeur assure le fonctionnement de l'agence sous le contrôle du conseil d'administration. Il exécute les décisions du conseil d'administration. Il peut, le cas échéant, recevoir délégation de celui-ci.
Le directeur a seul autorité sur le personnel, fixe l'organisation du travail dans les services et assure la discipline générale. Sous réserve des dispositions législatives et réglementaires donnant compétence à une autre autorité, il prend toutes mesures individuelles concernant la gestion du personnel et la discipline générale du service.
Le directeur soumet chaque année au conseil d'administration le projet de budget de l'agence.
Le directeur est ordonnateur des recettes et des dépenses.
Le directeur peut, sous sa responsabilité, déléguer sa signature à un ou plusieurs agents pour effectuer en son nom soit certains actes, soit tous les actes relatifs à certaines de ses attributions.
Le directeur négocie et conclut les transactions, sous réserve, lorsque ces dernières sont d'un montant supérieur à un seuil fixé par le conseil d'administration, de l'autorisation prévue au deuxième alinéa de l'article R. 225-3.