La commission siège en formation plénière, à l'exception de la matière disciplinaire. Dans ce cas, seuls les représentants du personnel occupant un emploi de niveau hiérarchique au moins équivalent à celui de l'agent dont le dossier est examiné ainsi qu'un nombre égal de représentants de l'administration siègent. Cette équivalence est appréciée en référence au niveau hiérarchique des fonctionnaires affectés à des tâches similaires, suivant les catégories statutaires usuelles.
Elle émet son avis à la majorité des membres présents.