L'utilisateur final de gaz naturel soumis aux obligations décrites à l'article 2 du décret n° 2016-397 du 31 mars 2016 susvisé reprend les quantités de biogaz reçues en exonération de la taxe dans l'état récapitulatif des quantités de gaz consommées l'année précédente, qu'il adresse à l'administration des douanes et droits indirects.
Une seule exonération est appliquée par mégawattheure consommé.
L'exonération de biogaz est appliquée sur les seules quantités correspondant à la part de biogaz livrée sur la période fiscale de référence. Lorsque l'utilisateur final cumule une deuxième exonération liée à l'usage du produit prévu aux articles 266 quinquies et 266 quinquies A du code des douanes, il n'applique cette exonération que sur la part du gaz ne correspondant pas au biogaz.