En application du 11° de l'article 2 du décret du 23 décembre 2004, l'Agence nationale pour la garantie des droits des mineurs traite notamment, au nom de l'Etat, les demandes de reconnaissance d'accidents du travail et de maladies professionnelles et représente l'Etat dans le cadre des contentieux de la reconnaissance des maladies professionnelles ainsi que dans le cadre de la procédure de conciliation organisée par la caisse de sécurité sociale compétente en matière de faute inexcusable de l'employeur.
En outre, l'Agence nationale pour la garantie des droits des mineurs assiste l'agent judiciaire de l'Etat pour les contentieux qui relèvent de son mandat légal.
Les conditions dans lesquelles l'agence prête son concours à l'Etat sont prévues par une convention signée entre les ministres chargés des mines et du budget, l'agent judiciaire de l'Etat et l'Agence nationale pour la garantie des droits des mineurs.