Le Haut conseil est doté d'un comptable public dénommé " agent comptable ", nommé par arrêté conjoint du garde des sceaux, ministre de la justice, et du ministre chargé du budget.
L'agent comptable est responsable personnellement et pécuniairement dans les conditions de l'article 60 de la loi n° 63-156 du 23 février 1963 de finances pour 1963 et du décret n° 2008-228 du 5 mars 2008 relatif à la constatation et à l'apurement des débets des comptables publics et assimilés.
Il est chargé :
a) De la tenue de la comptabilité du Haut conseil ;
b) Du recouvrement de la contribution forfaitaire instituée au II de l'article L. 821-5, ainsi que des cotisations instituées aux I et II de l'article L. 821-6-1 ;
c) Du recouvrement de toutes les autres recettes du Haut conseil ;
d) Du paiement des dépenses et du maniement des fonds et des mouvements de comptes de disponibilités.
L'agent comptable peut se voir confier, à la demande du président, la comptabilité analytique.
L'agent comptable peut nommer des mandataires qui sont agréés par le président du Haut conseil.