Sous l'autorité du haut fonctionnaire adjoint de défense et de sécurité, le service spécialisé de défense et de sécurité définit la politique et les mesures de défense, de sécurité, de prévention et de gestion des crises autres que sanitaires et s'assure de leur mise en œuvre. Il assure notamment la coordination avec le secrétariat général de la défense et de la sécurité nationale pour ses domaines de compétences. Il associe à son action l'ensemble des directions et services d'administration centrale ainsi que les agences ou directions régionales des zones de défense relevant des ministères chargés des affaires sociales.
Pour les directions régionales des entreprises, de la concurrence, de la consommation, du travail et de l'emploi, les domaines relevant de la défense et de la sécurité sont assurés en coordination avec le service du haut fonctionnaire de défense et de sécurité des ministères économiques et financiers.
Le service spécialisé de défense et de sécurité des ministères chargés des affaires sociales comprend deux pôles :
-un pôle " défense et sécurité " ;
-un pôle " sécurité des systèmes d'information ", placé sous la responsabilité du fonctionnaire de sécurité des systèmes d'information des ministères chargés des affaires sociales ;
-un secrétariat dédié chargé des affaires générales.
Il dispose, en tant que de besoin, de chargés de missions.